Las guerras civiles del siglo pasado fueron el gran estimulante de los partidos tradicionales liberal y conservador. La rivalidad entre los partidarios de Bolívar, que querían llevarlo al poder, y los santanderistas, apoyados por el Gobierno del presidente Joaquín Mosquera, posesionado el 13 de junio de 1830 y a quien como vicepresidente reemplazó el general Domingo Caicedo el 1 de agosto, provocó la insurgencia de las gentes de varios pueblos de la Sabana, principalmente Funza y Cajicá, azuzadas por sus párrocos, y el alzamiento del batallón Callao en Gachancipá el 11 de agosto, fuerza que fue enviada a Tunja; pero al llegar a Gachancipá el día anterior la detuvieron los insurrectos y los convencieron para volverse contra el Gobierno. Días luego hubo combates en Zipaquirá y Chía y el 28 siguiente ocuparon a Bogotá, pidiendo el retorno del Libertador. La víspera los constitucionalistas fueron derrotados en el combate del Cerrito del Santuario, cerca a Funza. Mientras tanto, habiendo sido depuesto el Gobierno de Mosquera y Caicedo, encargaron del poder al general Rafael Urdaneta, quien se proclamó dictador el 5 de septiembre, apoyado por los militares venezolanos. Esta situación concluyó con la entrevista de delegados de ambos bandos celebrada en Peñalisa en abril de 1831 y el tratado de Juntas de Apulo firmado el 28, en virtud del cual se restableció el Gobierno Constitucional.
Conspiración de Sardá, 1833: En prevención de un complot contra el Gobierno del general Santander en julio de 1833, éste ordenó al Gobernador de la Provincia de Bogotá doctor Rufino Cuervo tomar las medidas pertinentes, y entre tanto, el día 23 se hizo reconocer de la guarnición de Bogotá y ordenó el apresamiento de varios oficiales comprometidos con el jefe del complot José Sarda, español, veterano de la guerra de Independencia en favor de los patriotas; quien huyó a Tunja.
Los conspiradores tenían sus aliados en Fontibón, Usaquén, Tocancipá, Gachancipá, Chía, Sopó, Tenjo, Ubaté, Subachoque y Guasca.
Sarda fue apresado en Tunja, y traído a Bogotá se le dictó sentencia de muerte el 26 de septiembre del año siguiente, pero se fugó el 12 de octubre, ocultándose en una casa vecina al Palacio Arzobispal donde fue descubierto y muerto a balazos por los tenientes Ignacio Torrente y Pedro Ortiz el 22. Revolución de 1840: El general Domingo Caicedo como vicepresidente encargado del poder del 5 de octubre al 19 de noviembre de 1840 por ausencia del titular Dr. José Ignacio Márquez, afrontó pocos días después de su posesión el avance de las tropas revolucionarias que procedentes del norte marchaban hacia la capital al mando del coronel Juan José Reyes Patria y el comandante Antonio Samper. El Gobierno organizó una pequeña tropa al mando del coronel Juan José Neira, quien los combatió con éxito en el sitio de Buenavista, cerca de Cota. Esta fue la “Revolución de los Supremos”, iniciada en el sur, por el general José María Obando, secundado por otros caudillos en el norte los cuales se pronunciaron con el nombre de “Jefes Supremos.”
Alzamiento de 1851: Bajo la presidencia de José Hilario López se inició la época de las grandes reformas democráticas El naciente partido Conservador, resentido por su derrota electoral del 7 de marzo de 1849, preparaba la revolución, que debía estallar en Bogotá del 20 al 25 de junio de 1851, pero fue aplazada para el 20 de julio. El 18 de este mes el jefe político de Facatativá, cayó de sorpresa sobre la hacienda “Corito”, donde estaba José María Ardila, de quien se sospechaba; y allí tenía 25 hombres armados, con los cuales rechazó a la autoridad. Simultáneamente se pronunció en Guasca el jefe conservador Pastor Ospina Rodríguez, quien allí esperaba a su hermano Mariano. Fueron descubiertos en Bogotá por los de la Republicana y apresados junto con otros cabecillas el día 30, con lo cual se frustró el intento.
Revolución de 1854: La revolución Constitucionalista que estalló el 17 de abril de 1854 contra el dictador José María Melo, al derrocar éste al Gobierno del presidente José María Obando, tuvo como jefe al segundo designado general Tomás Herrera, quien el día 21 en Chocontá asumió el mando provisionalmente en sustitución del primer designado José de Obaldía. Cundinamarca fue el principal centro de la revolución y Chocontá el pueblo donde oficialmente se proclamó al asumir el general Herrera la presidencia y formar el primer ejército. En su afán de proveerse de recursos el dictador impuso en Bogotá fuertes contribuciones y su Jefe de Policía Manuel Góngora de Córdoba se dedicó a saquear las haciendas de la sabana, especialmente las de Funza, lo que motivó el alzamiento del hacendado coronel José María Ardila, quien al mando de una pequeña fuerza el 9 de mayo atacó y derrotó a una compañía Melista posesionada en esta plaza. Esta victoria sirvió de base para aumentar la guerrilla, al frente de la cual Ardila se convirtió en temible adversario de los dictatoriales.
Los primeros combates grandes contra los dictadores fueron en Zipaquirá y Tíquisa del 20 al 21 de mayo. Caído el Gobernador de la Provincia de Zipaquirá, don José María Coronado a comienzos de enero de este año, asumió el mando militar el coronel Manuel Jiménez y la Gobernación don Celestino Durán, quienes concentraron una fuerza de 900 hombres aumentada con los; presos de las cárceles de Chocontá y Ubaté llegados el día 19, día en que los ejércitos constitucionales se reunían en Nemocón en número de 2.557 al mando del presidente Tomás Herrera y del comandante general Manuel María Franco. En Nemocón acordaron atacar la columna de Jiménez si salía a campo abierto o se marchaba hacia el occidente a reunirse con los generales Joaquín París, Arboleda, López, y Diago. El 20, Melo marchó a Zipaquirá con 600 hombres. Franco atacó a Zipaquirá y fue muerto por las fuerzas de Jiménez, pero éstas salieron derrotadas al ser atacadas por el general Herrera, quien luego marchó a Ibagué y la eregió como Capital Provincial y el 5 de agosto entregó el mando al primer designado general José de Obaldía.
Las tropas legitimistas fueron derrotando de pueblo en pueblo a las dictatoriales y a fines del año se concentraron en Bogotá y dieron la última batalla en las propias calles de la ciudad el 4 de diciembre, acción en la que murió el general Herrera.
La Revolución de 1860-1861: La revolución Liberal de 1860-1861 del general Tomás Cipriano de Mosquera, tuvo origen en el sectarismo del general Mariano Ospina Rodríguez, elegido en competencia con el mismo Mosquera, quien como Gobernador del Estado del Cauca, no perdonaba su derrota en la Confederación Granadina creada en 1858. Las fuerzas del general Mosquera estaban acantonadas en Ambalema y Honda buscando pasar a Cundinamarca. Los gobiernistas, al mando del coronel Pedro Gutiérrez Lee, los seguían de cerca y tuvieron un encuentro en La Barrigona, cerca de Cambao y fueron derrotados por las fuerzas revolucionarias el 2 de marzo de 1860.
Posteriormente el general Mosquera firmó un armisticio en la quebrada de Chaguaní; sin embargo aprovechó la tregua para avanzar con las tropas hacia la sabana de Bogotá, favorecido por el clima político que produjo el cambio de Gobierno al entregar el mando el general Ospina Rodríguez a don Bartolomé Calvo, por vencimiento del período.
Siguen los combates, y el día 29 en el sitio El Rosal fue muerto el general José María Obando; la guerra se extendió a diferentes sitios y luego de encarnizados combates triunfó el general y tomó presos a Ospina, el presidente Calvo y otros, a quienes desterró.
Posteriormente en 1863, 1865 y 1867 hubo algunas escaramuzas y alzamientos principalmente ocasionados por la guerrilla de Guasca; pero fueron dominados por las fuerzas del orden.
En 1868 fue el doctor Ignacio Gutiérrez Vergara, quien era presidente del Estado de Cundinamarca, se alzó contra el presidente de la República general Santos Gutiérrez; pero fue destituido por el presidente y tomado preso y posteriormente indultado por su estado de salud.
En 1870 hubo un levantamiento protagonizado por Julio Barriga Villa y Cornelio Manrique, que terminó con la renuncia del general Briceño, gobernador de Cundinamarca y la proclamación de Cornelio Manrique como su sucesor.
La guerrilla de Guasca se organizó en 1876 por Manuel Briceño, y luego de varios combates fue derrotada el 23 de enero de 1877 en La Donjuana
Otra guerrilla organizada fue la de los Mochuelos formada por jóvenes bogotanos entre quienes figuraban Alejandro Posada y Carlos Martínez Silva, también fue derrotada por el Gobierno y se entregaron el 25 de abril de 1877 al general Wenceslao Ibáñez y don Salvador Camacho Roldán.
La Revolución de 1885: Fue proclamada el 24 de septiembre de 1884 en Mosquera por los radicales de Cundinamarca comandados por los generales Ricardo Gaitán Obeso y Manuel E Navarrete, contra el partido liberal independiente que presidía el general Daniel Aldana quien posteriormente se les unió. Esta revolución fue vencida en la costa.
El presidente Núñez destituyó al general; Aldana. El Estado de Cundinamarca por decreto 769 de noviembre 7 de 1885 fue suprimido y transformado en Distrito, Federal. Esta revolución terminó con la batalla de La Humareda el 17 de junio de 1855.
En 1895 hubo otra revolución contra el presidente Miguel Antonio Caro, el principal caudillo fue el general Siervo Sarmiento y uno de sus jefes intelectuales el doctor Nemesio Camacho. Fue derrotado por el general Rafael Reyes y firmó el tratado de Chumbamuy el 9 de febrero de 1895.
La guerra de los Mil Días: Fue la más trascendental y la última de las guerras civiles, al mismo tiempo la más encarnizada contra la hegemonía conservadora que en 1899 imperaba. A esta revolución se le ha atribuido la pérdida de Panamá en 1903. Comenzó el 18 de octubre de 1899 en el sur del departamento de Santander, y terminó con el tratado de “Wisconsin” en Panamá el 21 de noviembre de 1902.
El combate más grande que se libró en Cundinamarca tuvo lugar en el Alto de San Miguel cerca de Quetame el 19 de marzo de 1902. El caudillo más importante fue el general Cesáreo Pulido, oriundo de La Mesa. Las provincias más combatientes fueron las de Tequendama y Sumapaz donde se organizaron grandes ejércitos, la guerra en esta zona terminó con el Tratado de Liberia, suscrito en la hacienda Liberia, municipio de Viotá, el 25 de agosto de 1902, entre los comandantes Aurelio Mazuera y Antonio Morales V., y representantes del Gobierno mediante el cual se entregaban las armas a cambio de tener libertad de expresión e inviolabilidad de la vida humana.
Esta contienda definió los partidos tradicionales.